File is in a directory that is denied by your permission set が出るのに、読み取りが止まらない／止まる境目が見えないとき
この症状を追うときは、まず「どの形の拒否ルールが効いていないのか」と「どの実行形態で起きているのか」を分けて見るのが近道です。今回の issue では、少なくとも次の 2 系統が報告されています。 ひとつは [#87014](https://github.com/anthropics/claude-code/issues/87014) です。こちらは Claude Code 2.1.233、Linux、headless の `claude -p` 使用時に、`permissions.deny` の Read ルールが現在のプロジェクトの auto-memory ディレクトリ `~/.claude/projects/<cwd-slug>/memory/*` を止められない、という報告でした。報告本文では、`"deny": ["Read(~/.claude/**)"]` のような glob deny を入れても、プロジェクトの memory ディレクトリ配下が読めてしまうとされています。 もうひとつは [#98443](https://github.com/anthropics/claud
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