Rust製の低メモリ genomics engine「Rosalind」が面白い。100MB級で全ゲノム処理を狙う設計を解説
Rosalind は、Rustで書かれた genomics engine で、低メモリかつ決定的（deterministic）な出力を目指している 主な用途は read alignment、variant calling、coordinate sort、somatic calling、truth-set evaluation 強みは、ファイル全体ではなく、局所的な coverage を見ながら streaming 処理する設計にある 「100MB RAM で whole-genome workloads」というのはかなり野心的で、特に低資源環境では魅力が大きい ただし現時点では single contig / single-threaded / uncompressed FASTQ・FASTA など、適用範囲に制約もある 研究・学習・組み込み用途にはかなり面白いが、万能な本番パイプラインというよりは「尖った実装」と見るのがよさそう GitHub に公開されている Rosalind は、ひとこ
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